Fundación Baluarte desarrolla su labor gracias a la cooperación de entidades privadas, en un esquema de financiación pública-privada establecido desde el inicio de su funcionamiento en 2003.
Fundación Baluarte dispone de programas de cooperación sobre los cuales se pueden personalizar propuestas que contribuyan al retorno para las entidades participantes, en aspectos que van desde el impacto en marca e imagen a los servicios de valor añadido, con un tratamiento fiscal específico para las entidades con tributación en la Comunidad Foral de Navarra.